Plusieurs îles célèbres appartiennent à la commune de San Francisco, comme :

• Île d’Alcatraz, elle fut nommée ainsi par les Espagnols, car elle servait de refuge à de nombreux pélicans.
  Cette île hébergea une forteresse militaire pendant plusieurs décennies (1850-1909), puis une prison militaire (1909-1933) et une prison fédérale de haute sécurité (1934-1963), même le célèbre Al Capote était détenu.
• Treasure Island est une île artificielle de la baie de San Francisco, située entre San Francisco et Oakland.
  L’île a été créée en 1939 pour l’Exposition internationale du Golden Gate par l’extraction de matériaux de la baie, et du tunnel creusé à travers Yerba Buena Island.
• Yerba Buena Island est une île naturelle se trouvant dans la baie de San Francisco entre San Francisco et Oakland.
  L’île servit de base navale entre la Seconde Guerre mondiale et 1996.